Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS28Q9UK41 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms