Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
SCN9AQ15858 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN9AQ15858 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms