Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMAD4Q13485 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMAD4Q13485 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SMAD4Q13485 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.9 ms