Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH2P43246 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH2P43246 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH2P43246 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH2P43246 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH2P43246 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH2P43246 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH2P43246 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH2P43246 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH2P43246 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
MSH2P43246 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH2P43246 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH2P43246 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH2P43246 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH2P43246 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH2P43246 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH2P43246 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH2P43246 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH2P43246 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH2P43246 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.6 ms