Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL9A1P20849 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL9A1P20849 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL9A1P20849 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111.5 ms