Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VCANP13611 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VCANP13611 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VCANP13611 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VCANP13611 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VCANP13611 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
VCANP13611 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
VCANP13611 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VCANP13611 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VCANP13611 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VCANP13611 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VCANP13611 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VCANP13611 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VCANP13611 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VCANP13611 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VCANP13611 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VCANP13611 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VCANP13611 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VCANP13611 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VCANP13611 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VCANP13611 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VCANP13611 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VCANP13611 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VCANP13611 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VCANP13611 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VCANP13611 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCANP13611 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCANP13611 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCANP13611 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VCANP13611 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms