Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AKAP7-204ENST00000431975 2954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 KLF4-201ENST00000374672 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 KYAT1-205ENST00000436267 2487 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL6A2P12110 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms