Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms