Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms