Protein–RNA interactions for Protein: Q08945

SSRP1, FACT complex subunit SSRP1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 709 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSRP1Q08945 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SSRP1Q08945 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms