Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
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