Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RSPRY1-202ENST00000537866 3586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PKNOX1P55347 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms