Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HMGA1P17096 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HMGA1P17096 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms