Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms