Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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USP53Q70EK8 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
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