Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms