Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MXD1-206ENST00000540449 5580 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMEM200C-202ENST00000581347 10638 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms