Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SMAD4Q13485 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AC242376.1-201ENST00000559033 726 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SMAD4Q13485 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.6 ms