Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.4 ms