Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms