Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms