Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
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USP53Q70EK8 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
USP53Q70EK8 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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