Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL9A3Q14050 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
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