Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
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