Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SHMT2P34897 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms