Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MIR3907-201ENST00000579424 151 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.9 ms