Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG1P18858 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIG1P18858 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIG1P18858 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIG1P18858 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms