Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
CCDC9Q9Y3X0 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CCDC9Q9Y3X0 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC31.26■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.4 ms