Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
ZNF541Q9H0D2 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
ZNF541Q9H0D2 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
ZNF541Q9H0D2 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
ZNF541Q9H0D2 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms