Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP4Q13107 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP4Q13107 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP4Q13107 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP4Q13107 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP4Q13107 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP4Q13107 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP4Q13107 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP4Q13107 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP4Q13107 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP4Q13107 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP4Q13107 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP4Q13107 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP4Q13107 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP4Q13107 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP4Q13107 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP4Q13107 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP4Q13107 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP4Q13107 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP4Q13107 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP4Q13107 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP4Q13107 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP4Q13107 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP4Q13107 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP4Q13107 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP4Q13107 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP4Q13107 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
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