Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms