Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SYNGAP1-203ENST00000428982 4339 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NFKB2-204ENST00000428099 3416 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CGB7-203ENST00000597853 3386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NXPH1-201ENST00000405863 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms