Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms