Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIG1P18858 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms