Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms