Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms