Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP28Q96RU2 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms