Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SOX4Q06945 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms