Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CPA5-201ENST00000393213 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MIR3907-201ENST00000579424 151 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms