Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms