Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 NDUFS7-203ENST00000414651 841 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 MYL4-202ENST00000393450 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 AC079325.2-201ENST00000641710 606 ntAPPRIS P5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A21P-201ENST00000510875 1396 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A15P-201ENST00000514465 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A6P-201ENST00000515148 1394 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A16P-201ENST00000526662 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A9P-201ENST00000527940 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A5P-201ENST00000528738 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A14P-201ENST00000530386 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FAM90A13P-201ENST00000534703 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A3P12111 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 PPP1R7-205ENST00000404405 1009 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC018846.1-201ENST00000568231 183 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AP000866.5-201ENST00000531241 445 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AKR1B1-201ENST00000285930 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CST1-201ENST00000304749 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TNNT2-203ENST00000367315 1083 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 EFNA4-203ENST00000427683 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 276.4 ms