Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms