Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PHLDB2-204ENST00000431670 6127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 RSBN1-201ENST00000261441 6621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CCDC54Q8NEL0 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms