Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 FXNP2-201ENST00000411625 547 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
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