Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms