Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ATG4BQ9Y4P1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ATG4BQ9Y4P1 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ATG4BQ9Y4P1 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
ATG4BQ9Y4P1 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms