Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCAL1Q9NZC9 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCAL1Q9NZC9 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 196.9 ms