Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS35Q96QK1 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS35Q96QK1 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS35Q96QK1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms