Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CLIP3Q96DZ5 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CLIP3Q96DZ5 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLIP3Q96DZ5 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80 ms