Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
MSH2P43246 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
MSH2P43246 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MSH2P43246 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
MSH2P43246 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
MSH2P43246 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSH2P43246 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSH2P43246 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSH2P43246 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSH2P43246 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
MSH2P43246 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSH2P43246 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSH2P43246 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSH2P43246 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSH2P43246 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSH2P43246 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSH2P43246 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSH2P43246 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSH2P43246 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSH2P43246 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSH2P43246 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSH2P43246 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSH2P43246 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSH2P43246 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms